CITAZIONE
Siamo nell’anno 2010 e la Britannia, la più grande potenza mondiale, invade il Giappone. Grazie a mezzi da guerra all’avanguardia denominati Knightmare Frame - mech dalle fattezze umanoidi - la Britannia riesce facilmente a sconfiggere e conquistare il Giappone, annettendolo al suo impero e cambiandone il nome in Area 11. Da quel momento la società nipponica si divide tra i "superiori" Britanni e gli Eleven, gli ex-giapponesi, ormai privi di diritti e costretti a subirne la dominazione straniera.
Sono passati 7 anni dalla guerra quando Lelouch Lamperge, uno studente Britanno che vive nella vecchia città di Tokyo, si ritrova coinvolto, suo malgrado, in un attentato terroristico, durante il quale alcuni ribelli si sono impossessati di una misteriosa arma segreta dell'impero. Per una serie di equivoci Lelouch viene scambiato egli stesso per un terrorista ed entra in contatto con la misteriosa arma, che si rivela essere una ragazza, C.C., che gli dona il potere di dominare la volontà delle altre persone. Con il suo nuovo potere, Lelouch decide di dare vita ad un suo piano per distruggere una volta per tutte la Britannia, che per una serie di ragioni odia a morte. Avvalendosi del suo brillante ingegno e di una considerevole freddezza, il ragazzo riesce a diventare leader di un suo personale gruppo di ribelli, l'Ordine dei Cavalieri Neri, che si oppongono non solo all'impero, ma anche agli altri gruppi di resistenza giapponesi.
Nel frattempo entra in scena anche un vecchio amico di Lelouch, Suzaku Kururugi, che frequenta la sua stessa scuola ma milita nelle fila dell'esercito britanno. Anche Suzako non è soddisfatto della situazione attuale, ma il suo obiettivo è di cambiare le cose attraverso le vie della legalità e non della ribellione.
Comincia così la doppia vita di Lelouch, apparentemente un brillante studente britanno, sotto cui si cela la maschera del misterioso Zero, geniale e spietato leader dei Cavalieri Neri.