Light Yagami è il miglior studente del Giappone, figlio del capo della polizia, di succeso e molto popolare tra i giovani.
Come al solito si trova a guardare annoiato fuori dalla finestra della propria classe, ed è allora che vede cadere dal cielo il Death Note, il terribile quaderno della morte, il quale conferisce il potere di uccidere chiunque conoscendo il volto della vittima e scrivendone il nome tra le pagine.
Dopo un breve periodo di titubanza Light deciderà di utilizzare questo potere per ripulire il mondo dalla "feccia". Dopo cinque giorni di massacro comparirà Ryuk lo Shinigami proprietario del quaderno, ma il giovane umano non rimarrà affatto turbato da questa infernale visione, anzi gli confiderà il suo volere: diventare il Dio del nuovo Mondo!
La polizia però ha già capito che le morti dei criminali (tutte per arresto cardiaco) non sono casuali, ma dettate dagli interessi di una qualche organizzazione segreta. Si affideranno quindi a L, il super investigatore segreto di cui nessuno conosce l'identità. L riuscirà a mettere subito sotto torchio Kira (questo è il nome con cui viene chiamato l'assassino-Light). Nel frattempo giungerà sulla scena anche Misa, ragazza anch'essa dotata del potere del death Note, ma anche degli occhi dello Shinigami, i quali permetto di vedere sopra il volto di un uomo il suo nome e la vita rimanente. Purtroppo Misa non possiede la stessa intelligenza di Light e viene presto catturata dalla polizia e Kira, che ormai si è infiltrato nel quartir generale di L come figlio e aiutante del capo della polizia, dovrà farsi anch'egli imprigionare per sviare i sospetti su di lui. Dopo più di 50 giorni Light rinuncierà al Death Note e quindi perderà la memoria, ma tutto era stato minuziosamente calcolato: fatto pervenire il quaderno ad un uomo ambizioso ma stupido, senza imputazioni sul so capo e libero di agire come meglio crede (senza però ricordarsi di essere Kira), riuscirà in breve a riprendere il suo potere e la sua memoria. Oramai L è con le spalle al muro, lo sà ma non lo può provare. La prima parte della serie si chiude con la tragica morte di L tra le mani di Kira.
Inizia qui la seconda e più cupa parte dell'Anime: Kira è ormai il tiranno invisibile della Terra e la popolazione mondiale è divisa tra i suoi cultori e gli oppositori. Light continua ad agire indisturbato e senza scrupoli dall'interno della polizia finchè non giungono sulla scena i due successori di L: Near e Mellow. Mentre il primo è molto simile al grande investigatore morto, anche se ancora un bambino, il secondo è invece più irruento e non disdegna anche i metodi più infimi per vendicare la memoria del "fratello". Questi 2 sono però in conflitto tra loro tanto da intralciare le indagini l'uno con l'altro finchè Mellow non deciderà di sacrificare la sua stessa vita per il bene della Giustizia.
"Divisi siamo inferiore a L, ma se uniamo le forze lo possiamo addirittura superare!" - Questo sarà l'ultima frase detta a Near da Mellow. Light si ritrova alle strette e niente gli vale l'aiuto del suo servo e fedele Mikami teru, che, anzi, cade in una trappola della polizia americana, rivelando la posizione del secondo Death Note. Kira però sopravvaluta i suoi piani e davanti a tutto il pool anti-Kira rivelerà la sua identità, decretando la sua fine.
Ryuk, come promesso al giovane, nel momento in cui avrebbe smesso di vivere (anche se non si tratta di una morte fisica) scrive il nome di Light sul suo quaderno, uccidendolo e portando la sua anima in un Mondo che non è nè il Paradiso nè l'Inferno.